SAP S/4HANA与R3(ECC)在多个方面存在显著差异。首先，从数据库层面看，SAP S/4HANA采用了高性能的列式存储，能够更好地支持大数据处理和高并发性能。而R3(ECC)使用的是传统的关系型数据库。

其次，在计算引擎方面，SAP S/4HANA采用了自研的SAP HANA计算引擎，具备高性能的分析和实时处理能力。相比之下，R3(ECC)使用的是传统的数据库查询引擎，其数据处理能力相对较弱。

此外，SAP S/4HANA在界面和用户体验方面也有很大的改进。它采用了全新的用户界面和操作方式，更加注重用户体验和易用性。相比之下，R3(ECC)的用户界面相对较为传统，操作方式也较为繁琐。

在扩展性方面，SAP S/4HANA支持横向和纵向的扩展，可以满足企业不断增长的业务需求。而R3(ECC)在扩展性方面相对较弱，难以应对大规模的业务增长。

安全性方面，SAP S/4HANA提供了更加完善的安全机制和权限控制，可以更好地保护企业的敏感数据和机密信息。而R3(ECC)的安全性相对较弱，可能存在一定的安全风险。

总的来说，SAP S/4HANA与R3(ECC)在数据库、计算引擎、界面和用户体验、扩展性以及安全性等方面存在显著差异。企业在选择升级或替换旧系统时，需要根据自身业务需求和实际情况进行综合考虑。